督军在民国时代早期其实就是军阀的代名词了。
如果细谈这个职位的发源其实最早能够扯到太平天国时期的影响。因为当时清廷的正规军“绿营”根本没有什么战斗力，八旗更不用提了，所以最后咸丰皇帝不得不放手让各省在籍的官员大办“团练”，也就是“勇营”等于是给了国家承认的民兵名义了。曾国藩的湘军和李鸿章等人的淮军其实都是“团练”武装起家的。经过一番角力之后，虽然太平天国和后来的捻军都算是被平息了，但是各省的督抚手里这些团练武装却颇具实力，他们不肯撒手清廷也没有好法子。
到了甲午战争这些团练武装被证明也不靠谱，于是清廷一边开始编练新军一边又动脑筋削弱“勇营”，最后将原本的绿营和勇营合编出来一个“巡防营”。因为当时的清廷没钱，资源都掌握在各省已经开始尾大不掉的督抚手里，所以编练新军也只能分省办理。当然为了留一手，清廷还是努力的自己直接编练了三个师的新军，就是所谓北洋三镇，其余的各省根据自己的财政能力分别编练一个师一个旅不等。湖北的张之洞搞洋务比较出色，地方财政相对宽裕也有一定的现代眼光，他编练的新军就有一个师又一旅之多，叫做“自强军”。
尽管各地的新军和巡防营从来都是有矛盾的，但是一旦辛亥革命来了，各省都纷纷独立，当地的督抚许多人摇身一变站到革命党这一边就继续主政一省，比如江苏的程德全，新疆的杨增新等等。而清制下督抚原本也是有一定权力管本地方的军事，那么他们就继续抓着军权不撒手。
当然了辛亥革命从武昌开始的，所以黎元洪作为首义成立军政府还是有权力下令的，他当了“都督”，榜样作用之下各省行政军事长官也多称都督。不过此人多少还是有些政治眼光，所以看的清形势，军政府模式必然不能持久，于是在1912年的6月就又提出了“军民分胡磨烂治”，另设民政长掌握一省的民事行政大权，都督只专管军事。
袁世凯当了大总统之后在1913年针对全国纷乱的局面发布了一个《划一各省地方行政官厅组织令》专门把“民政长”改称了“省长”。但是尽管这样子，因为前期的惯性都督还是基本掌握着地方大权。
等着二次革命后，袁世凯迫于形势需要必须取得手下将领的支持非但不能削弱都督对地方政府的影响力还只能正式承认之，于是改都督为某将军督理某省军务。1916年6月，袁世凯死后，黎元洪又继任了总统，段祺瑞当了国务总理，把这个职位改称督军。不过当时许多督军对此毫不满意，毕竟这样子控制地方行政还是隔了一道手，许多督军干脆撵走省长自己兼任。
这种掌握了一省的军权又有着地方行政资源的军阀当然更加不会把中央政府放在眼里了。他们干脆组成了“督军团”，利用抱团的方式经常要挟中央政府各种政策，堪称民国一大公害。
到了1922年，黎元洪想通过“废督裁兵”来削弱“督军团”的实力，又改督军为督理某省军务善后事宜，简称督理，打算再次切割他们手里的地方行政资源。不过黎元洪没有军事实力作为后盾，此事注定失败。1924年的第二次直奉战争后，裤漏段祺瑞也看到了各省的督军对于他总揽大权是个威胁，就把这个职位又改成了“督办军务善后事宜”，一般简称为督办。等着直系吴佩孚掌权时候，他对手下的任命都称为“督理”，不过奉系把控的北洋政府照样用“督办”甚至还有“督军”的名义。
最后直到国民革命开始，北伐军在1928年将张作霖从北京撵走，他当时的头衔是“安国军政府大元帅”，他手下那些将领们仍然带着“督军兼省长”的帽子。
真的让这个词消失是直到了张学良在1928年作出他最大的历史功绩“东北易帜”之后，这样子手下的那些督军兼省游困长纷纷变成省主席兼某军军长，其实还是换汤不换药……