《四库全书》完成至今的两百年间，饱经沧桑，多份抄本在战火中被毁。其中文源阁本在1860年英法联军攻占北京，火烧圆明园时被焚毁，文宗、文汇阁本在太平天国运动期间被毁；杭州文澜阁藏书楼1861年在太平军第二次攻占杭州时倒塌，所藏《四库全书》散落民间，后由藏书家丁氏兄弟收拾、整理、补抄，才抢救回原书的四分之一。文澜阁本在民国时期又有二次补抄。1914年在杭州图书馆第一任馆长钱恂的支持下，由徐锡麟二弟徐仲荪及其学生堵福诜自费补抄，历时7年，史称“乙卯补抄”。1923年，时任浙江教育厅长的张宗祥得知徐仲荪、堵福诜的义举后，十分感动，但他知道“修补”量相当浩大，单靠几个人很难完成，必须由政府牵头。在他的重视下，补抄人员增加到百余人，费用全部由浙江籍人募集，徐仲荪任总校，堵福冼任监理，历时两年，史称“癸亥补抄”。解放初，由于徐仲荪和堵福洗修补《四库全书》有功，他们俩的画像曾被悬挂在杭州文澜阁，以志纪念。2008年后《四库全书》大部分内容已经恢复。如今《四库全书》只存3套半，其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾，现藏台北故宫博物院（也是保存较为完好的一部）。文溯阁本1922年险些被卖给日本人，现藏甘肃省图书馆。文津阁本于1950年由中国政府下令调拨到中国国家图书馆，这是唯一一套原架原函原书保存的版本。而文澜阁本则藏于浙江省图书馆。
1966年10月，当时正处于中苏关系紧张时，为保护《四库全书》安全，林彪下令将文溯阁《四库全书》秘密从沈阳运至兰州，藏於戈壁沙漠中。辽宁有关人士要求归还，以书阁合璧。甘肃方面也修建藏书楼，加强保护。文溯阁《四库全书》其最终归属仍处争议中。 提出辑佚
乾隆三十七年（1772年）十一月，安徽学政朱筠提出《永乐大典》的辑佚问题，得到乾隆皇帝的认可，接着便诏令将所辑佚书与“各省所采及武英殿所有官刻诸书”，汇编在一起，名曰《四库全书》。这样，由《永乐大典》的辑佚便引出了编纂《四库宴虚全书》的浩大工程，成为编纂《四库全书》的直接原因。《四库全书》的编纂过程共分四步：第一步是征集图书。征书工作从乾隆三十七年（1772年）开始，至乾隆四十三年（1778年）结束，历时七年之久。为了表彰进书者，清廷还制定了奖书、题咏、记名等奖励办法：“奖书”即凡进书500种以上者，赐《古今图书集成》一部；进书100种以上者，赐《佩文韵府》一部。“题咏”，即凡进书百种以上者，择一精醇之本，由乾隆皇帝题咏简端，以示恩宠。“记名”即在提要中注明采进者或藏书家姓名。在地方政府的大力协助和藏书家的积极响应下，征书工作进展顺利，共征集图书12237种，其中江苏进书4808种，居各省之首；浙江进书4600种，排名第二。私人藏书家马裕、鲍士恭、范懋柱、汪启淑等也进书不少。
整理图书
《四库全书》的底本有六个来源：内府本，即政府藏书，包括武英殿等内廷各处藏书；赞撰本，即清初至乾隆时奉旨编纂的书，包括帝王的著作；各省采进本，即各省督抚征集来的图书；私人进献本，即各省藏书家自动或奉旨进呈的书；通行本，即采自社会上流行的书；《永乐大典》本，即从《永乐大典》中辑录出来的佚书。四库馆臣对以上各书提出应抄、应刻、应存的具体意见。应抄之书是认为合格的著作，可以抄入《四库全书》。应刻之书是认为最好的著作，这些著作不仅抄入《四库全书》，而且还应另御伏行刻印，以广流传。应存之书是认为不合格的著作，不能抄入《四库全书》，而在《四库全书总目》中仅存其名，列入存目。对于应抄、应刻的著作，要比较同书异本的差异，选择较好的本子作为底本。一种图书一旦定为四库底本，还要进行一系列加工，飞签、眉批就是加工的产物。飞签也叫夹签，是分校官改正错字、书写初镇祥携审意见的纸条。这种纸条往往贴于卷内，送呈纂修官复审。纂修官认可者，可用朱笔径改原文，否则不作改动。然后送呈总纂官三审，总纂官经过分析之后，可以不同意纂修官的复审意见，而采用分校官的初审意见。三审之后，送呈御览。
抄写底本
抄写人员初由保举而来，后来，发现这种方法有行贿、受贿等弊病，又改为考查的办法，具体做法是：在需要增加抄写人员时，先出告示，应征者报名后，令当场写字数行，品其字迹端正与否，择优录取。考查法虽比保举法优越，但也有不便之处，因此最后又改为从乡试落第生徒中挑选，择其试卷字迹匀净者予以录用。这样，先后选拔了3826人担任抄写工作，保证了抄写《四库全书》的需要。为了保证进度，还规定了抄写定额：每人每天抄写1000字，每年抄写33万字，5年限抄180万字。五年期满，抄写200万字者，列为一等；抄写165万字者，列为二等。按照等级，分别授予州同、州判、县丞、主簿等四项官职。发现字体不工整者，记过一次，罚多写10000字。由于措施得力，赏罚分明，所以《四库全书》的抄写工作进展顺利，每天都有600人从事抄写工作，至少可抄60余万字。
校订过程 这是最后一道关键性工序。为了保证校订工作的顺利进行，四库全书馆制定了《功过处分条例》，其中规定：所错之字如系原本讹误者，免其记过；如原本无讹，确系誊录致误者，每错一字记过一次；如能查出原本错误，签请改正者，每一处记功一次。各册之后，一律开列校订人员衔名，以明其责。一书经分校，复校两关之后，再经总裁抽阅，最后装潢进呈。分校、复校、总裁等各司其职，对于保证《四库全书》的质量确实起了重要作用。
乾隆皇帝为了存放《四库全书》效仿著名的藏书楼“天一阁”的建筑建造了南北七阁。乾隆四十六年（1781年）十二月，第一部《四库全书》终于抄写完毕并装潢进呈。接着又用了将近三年的时间，抄完第二、三、四部，分贮文渊阁、文溯阁、文源阁、文津阁珍藏，这就是所谓“北四阁”。从乾隆四十七年（1782年）七月到乾隆五十二年（1787年）又抄了三部，分贮江南文宗阁，文汇阁和文澜阁珍藏，这就是所谓“南三阁”。每部《四库全书》装订为36300册，6752函。七阁之书都钤有玺印，如文渊阁藏本册首钤“文渊阁宝”朱文方印，卷尾钤“乾隆御览之宝”朱文方印。
在编纂《四库全书》的过程中，还编了《四库全书荟要》、《四库全书总目》、《四库全书简明目录》、《四库全书考证》、《武英殿聚珍版丛书》等。这几种书可以看作编纂《四库全书》的副产品。《四库全书荟要》是《四库全书》的精华，收书473种、19931卷。开本大小和装帧形式与《四库全书》相同。乾隆四十三年（1778年）共抄两部：一部放在宫中御花园的摛藻堂，一部放在圆明园东墙外长春园内的味腴书屋。《四库全书总目》二百卷是《四库全书》收录书和存目书的总目录。该目录前有“凡例”，经史子集四部之首冠以总序，大类之前又有小序，每书之下都有著者介绍、内容提要、版本源流等考证文字。由于这些考证文字出于纪昀、戴震、姚鼐、邵晋涵等著名学者之手，因而具有重要的学术价值。《四库全书简明目录》二十卷是《四库全书总目》的简编本，它不列存目书，只列《四库全书》收录的图书，每种书的提要也写得比较简单。《四库全书考证》一百卷是四库馆臣对应抄，应刻各书校勘字句的记录汇编，该书对于校订古籍有较高的参考价值。《武英殿聚珍版丛书》是用木活字印成的。它包括《四库全书》中138种“应刻”之书。该丛书在刻印4种之后，主持人金简通过比较，认为木活字花钱少，实用价值高，改为木活字印刷出版。金简把木活字印刷过程写成《钦定武英殿聚珍版程式》一书，并收入《四库全书》，它是古代印刷史上的重要文献，已被译成德文、英文等流传世界。 从《四库全书》修成至今已有200余年。七部之中，文源阁本、文宗阁本和文汇阁本已荡然无存，只有文渊阁本、文津阁本、文溯阁本和文澜阁本传世至今。文渊阁本今藏台湾省，文津阁本今藏北京图书馆，文溯阁本今藏甘肃省图书馆。文澜阁本在战火中多所残阙，后来递经补抄，基本补齐，今藏浙江省图书馆。
《四库全书》（1773年）可以称为中华传统文化最丰富最完备的集成之作。中国文、史、哲、理、工、农、医，几乎所有的学科都能够从中找到它的源头和血脉，几乎所有关于中国的新兴学科都能从这里找到它生存发展的泥土和营养。从那时开始，作为国家正统、民族根基的象征，已成为中国乃至东方读书人安身立命梦寐以求的圭臬和后代王朝维系统治宏扬大业的“传国之宝”。《四库全书》共收书3460多种、79000多卷、36000多册，分为经、史、子、集四部。其中“经部”分为“易、书、诗、礼、春秋、孝经、五经总义、四书、乐、小学”等10类；“史部”分为“正史、编年、纪事本末、别史、杂史、诏令奏议、传记、史钞、载记、时令、地理、职官、政书、目录、史评”等 15类；“子部” 分为“儒家、兵家、法家、农家、医家、天文算法、术数、艺术、谱录、杂家、类书、小说家、释家、道家”等14类；“集部”分为“楚辞、别集、总集、诗文评、词曲”等05类。总共44类。为了保存这批精典文献，由皇帝“御批监制”，从全国征集3800多文人学士，集中在京城，历时十年，用工整的正楷抄书七部，连同底本，共八部。建阁深藏，世人难得一见。虽然由数千人抄写，但字体风格端庄规范，笔笔不苟，如出一人。所以，无论从内容上还是从形式上看，都具有十分难得的研究、收藏和欣赏价值。后几经战乱，损毁过半，更使这套世界出版史上的巨制，成为举世罕见的无价之宝。
乾隆三十八年（1773年）二月，《四库全书》正式开始编修，以纪晓岚、陆锡熊、孙士毅为总纂官，陆费墀为总校官，下设纂修官、分校官及监造官等400余人。名人学士，如戴震（汉学大师），邵晋涵（史学大师）及姚鼐、朱筠等亦参与进来。同时，征募了抄写人员近4000人，鸿才硕学荟萃一堂，艺林翰海，盛况空前，历时10载。至1782年，编纂初成；1793年始全部完成。耗资巨大，是“康乾盛世”在文化史上的具体体现。乾隆三十八年（1773年）三月，《四库全书》馆设立不久，总裁们考虑到这部书囊括古今，数量必将繁多，便提出分色装潢经、史、子、集书衣的建议。书成后它们各依春、夏、秋、冬四季，分四色装潢，即经部绿色，史部红色，子部月白色，集部灰黑色，以便检阅。因《四库全书总目》卷帙繁多，翻阅不易，乾隆帝谕令编一部只记载书名、卷数、年代、作者姓名，便于学者“由书目而寻提要，由提要而得全书”的目录性图书。乾隆三十九年（1774年），总纂官纪昀、陆锡熊等人遵照乾隆帝的谕令，将抄入《四库全书》的书籍，依照经史子集四部分类，逐一登载。有需要特别加以说明的问题，则略记数语。此书于乾隆四十六年告竣，共20卷。它实际上是《四库全书总目》的简编本。中国古典文化典籍的分类，始于西汉刘向的《别录》。到了西晋荀勖，创立了四部分类法，即经、史、子、集四大部门。隋唐以后的皇家图书馆及秘书省、翰林院等重要典藏图书之所，都是按照经、史、子、集分四库贮藏图书的，名为“四库书”。清乾隆开“四库全书馆”，使成编时，名为《四库全书》。因为有了《四库全书》的编纂，清乾隆以前的很多重要典籍才得以较完整地存世。《四库全书》誊缮七部，分藏于紫禁城内的文渊阁、盛京（今沈阳）宫内的文溯阁、北京圆明园的文源阁、河北承德避暑山庄的文津阁，此为北四阁，又称为内廷四阁，仅供皇室阅览。另三部藏于扬州的文汇阁、镇江的文宗阁、杭州的文澜阁，即浙江三阁，又称南三阁，南三阁允许文人入阁阅览。中国近代，由于战乱不断，七部《四库全书》中完整保存下来的仅存三部。文汇阁、文宗阁藏本毁于太平天国运动时期；文源阁藏本被英法联军焚毁；文澜阁所藏亦多散失，后经补抄基本得全，然已非原书。1948年，国民党政府撤离大陆，前往台湾，将故宫博物院的一些珍贵藏品运往台湾时，将《四库全书》中最为珍贵的藏本文渊阁《四库全书》带到台湾，文渊阁《四库全书》现存藏于台北故宫博物院内。 清乾隆编纂四库全书时销毁了对大清不利的书籍总数，据统计为一万三千六百卷。焚书总数，15万册。销毁版片总数170馀种、8万馀块。除了焚毁书籍，大清还系统的对明代档案进行了销毁。明代档案仅三千余件，主要是天启、崇祯朝兵部档案，也有少量洪武、永乐、宣德、成化、正德、嘉靖、隆庆、万历、泰昌朝的官方文书。其余估计不少于1000万份明代档案，已经全部被销毁了。除了销毁书籍和档案外，大清还系统的对残存书籍和档案，进行篡改。
《四库全书》的编修可以说是全国图书都要进献检查，不仅不利于大清的文献被禁毁，连前人涉及契丹、女真、蒙古、辽金元的文字都要进行篡改。查缴禁书竟达三千多种，十五万多部，总共焚毁的图书超过七十万部，禁毁书籍与四库所收书籍一样多。“初下诏时，切齿于明季野史。其后，四库馆议，维宋人言辽金元，明人言元，其议论偏谬尤甚者，一切拟毁，……隆庆以后，至于晚明，将相献臣所著，靡有孑遗矣”。明清之际，黄道周、张煌言、袁继咸、钱肃乐、顾炎武、黄宗羲、孙奇逢诸人的著作，均于例禁。后来稍稍放宽，有些人的著作，只要“改易违碍字句，无庸销毁”。但对钱谦益、吕留良、屈大均、金堡以及戴名世、王锡侯、尹嘉铨诸人的作品，查禁特别严厉。乾隆时被销毁的书籍“将近三千余种，六、七万卷以上，种数几与四库现收书相埒”。吴晗说过“清人纂修《四库全书》而古书亡矣！”文字狱如此之彻底，一篇吴三桂的“反满檄文”，一本《扬州十日记》，一本《嘉定屠城记略》，竟在中华本土湮灭二百多年，二百多年后才从日本找出来！
《四库全书》所收古籍许多经过篡改是尽人皆知的事实。《四库全书》的编纂者对于反映民族矛盾、民族压迫和民族战斗精神的作品尽量摒弃和抽毁，对于不能不收录的名家名作则大肆篡改。如岳飞《满江红》名句“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”。“胡虏”、“匈奴”在清代是犯忌的。于是《四库全书》馆臣把它改为“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”。张孝祥名作《六州歌头·长淮望断》描写北方孔子家乡被金人占领：“洙泗上，弦歌地，亦膻腥。”“膻腥”犯忌，改作“凋零”。陈亮的《水调歌头·不见南师久》词云：“尧之都，舜之壤，禹之封。于中应有，一个半个耻臣戎。”“耻臣戎”犯忌，改作“挽雕弓”。还有更荒谬的，辛弃疾的《永遇乐·千古江山》中的“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”是南朝宋开国皇帝刘裕的小名，用小名称呼帝王，做惯了奴才的《四库全书》馆臣觉得别扭而加以改动。
再如宋代《契丹官仪》记载辽国见闻：“胡人之官，领番中职事者皆胡服，谓之契丹官。枢密、宰臣则曰北枢密、北宰相。领燕中职事者，虽胡人亦汉服，谓之汉官。执政者则曰南宰相、南枢密。”四库本则篡改为：“契丹之官，领番中职事者皆异服，谓之契丹官。枢密、宰臣则曰北枢密、北宰相。领燕中职事者，虽国人亦汉服，谓之汉官。执政者则曰南宰相、南枢密。”改掉“胡服”“胡人”等。
文人鲁迅在批评明清和民国文人时表示：
“现在不说别的，单看雍正乾隆两朝的对于中国人著作的手段，就足够令人惊心动魄。全毁，抽毁，剜去之类也且不说，最阴险的是删改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章；不但藏之内廷，还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人……清朝的考据家有人说过，“明人好刻古书而古书亡”，因为他们妄行校改。我以为这之后，则清人纂修《四库全书》而古书亡，因为他们变乱旧式，删改原文；今人（民国）标点古书而古书亡，因为他们乱点一通，佛头著粪：这是古书的水火兵虫以外的三大厄。 ”
“嘉庆道光以来，珍重宋元版本的风气逐渐旺盛，也没有悟出乾隆皇帝的“圣虑”，影宋元本或校宋元本的书籍很有些出版了，这就使那时的阴谋露了马脚。最初启示了我的是《琳琅秘室丛书》里的两部《茅亭客话》，一是校宋本，一是四库本，同是一种书，而两本的文章却常有不同，而且一定是关于“华夷”的处所。这一定是四库本删改了的；连影宋本的里看的，自己没有，去买起来又嫌太贵，因此也举不出实例来。但还有比较容易的法子在。新近陆续出版的《四部丛刊续编》自然应该说是一部新的古董书，但其中却保存着大清暗杀中国著作的案卷。例如宋洪迈的《容斋随笔》至《五笔》是影宋刊本和明活字本，据张元济跋，其中有三条就为清代刻本中所没有。所删的是怎样内容的文章呢？为惜纸墨计，只录一条《容斋三笔》卷三里的《北狄俘虏之苦》在这里——“元魏破江陵，尽以所俘士民为奴，无分贵贱，盖北方夷俗皆然也。自靖康之后，陷于金虏者，帝子王孙，官门仕族之家，尽没为奴婢，使供作务。每人一月支稗子五斗，令自舂为米，得一斗八升，用为餱粮；岁支麻五把，令缉为裘。此外更无一钱一帛之入。男子不能缉者，则终岁裸体。虏或哀之，则使执爨，虽时负火得暖气，然才出外取柴归，再坐火边，皮肉即脱落，不日辄死。惟喜有手艺，如医人绣工之类，寻常只团坐地上，以败席或芦藉衬之，遇客至开筵，引能乐者使奏技，酒阑客散，各复其初，依旧环坐刺绣：任其生死，视如草芥。……” 《四库全书》其实是一部“四不全”的次品乃至废品。何谓“四不全”？因为在编修过程中，数目惊人的书籍遭到了焚毁、删削、篡改、错讹的厄运，而这一切都是蓄意为之。
一、焚毁
《四库全书》收录全文的图书一共有3461种，成书79000卷，近7.7亿字。编修中明令禁焚的书籍就有3000多种（估计禁毁6766部，93556卷），禁毁数超出收入的总数，这还不算上因当时诏令上缴违禁书籍在民间造成的恐怖氛围，百姓偷偷焚毁的书籍，合计起来被毁掉的书籍恐怕不止万部，这实在是空前绝后一场文化大浩劫。
二、删削
只举几例，据黄裳先生考证：乾隆四十一年诏令：书籍内如有只须删改的字句，就不必因此而废掉全书；乾隆四十四年，禁网已注意到地方志；乾隆四十五年，注意力伸到野史诗、演戏曲本、小说等俗文学领域；乾隆五十年，改《明末纪事本末》中“吴三桂击走李自成”为“清军击走李自成”。
三、篡改
鲁迅先生就说过：“清人篡修《四库全书》而古书亡，因为他们变乱旧式，删改原文。” (《病后杂谈之余》) 不但与清代统治者利益密切相关的明人作品遭到大力剿灭，而且殃及两宋。如岳飞的《满江红》名句“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”，被改为“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”，因为“胡虏”、“匈奴”在清代是犯忌的。最荒唐可笑的是辛弃疾的《永遇乐·千古江山》：“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”本是南朝宋开国皇帝刘裕的小名，与犯忌的“胡”“戎”“夷”“虏”等并不相关，可是奴才们害怕专制淫威，为保险起见“觉悟高”，须知“狗总是跑在最前面的”。
四、错讹
戊戌变法时支持新法的陕西进士李岳瑞，在其笔记《悔逸斋笔乘》中提到乾隆御制、四库馆臣校订的武英殿版《二十四史》。“曩读武英殿本《二十四史》，惟《史》、《汉》、《国志》校勘无愧精审，《晋书》以次，则讹字不可枚举。”是四库馆臣的疏忽吗？不是。这是四库馆臣、内府官员、太监共同表演的取悦皇帝的“哑剧”——故意留下些容易看出的错误，等待喜欢校书的乾隆看到后标出，再对馆臣的“不学”降旨申斥，从而“龙心大悦”，觉得自己的学问也在“皆海内一流，一时博雅之彦”的四库馆臣之上。“然上虽喜校书，不过偶尔批阅，初非逐字雠校，且久而益厌。每样本进呈，并不开视，辄以朱笔大书校过无误，照本发印。司事者虽明知其讹误，亦不敢擅行改刊矣。”
从上述可以看出，毁、删、改，包括留下的大量错讹，都是蓄意而为。深究缘由，就不得不剖析乾隆编修《四库全书》的真实意图了。在费正清的名著《美国与中国》中，他鲜明地指出了清朝统治者编纂《四库全书》的真实用意：“通过这项庞大工程，清廷实际上进行了一次文字清查（文学上的“宗教裁判”）工作，其目的之一是取缔一切非议外来统治者的著作。编纂人在搜求珍本和全整文本以编入这一大文库时，也就能够查出那些应予取缔或销毁的一切异端著作。正如L.C.古德里奇所论证的，这是最大规模的思想统治。”