芽孢杆菌本身没有肥水的功能，芽孢杆菌有很强的分解能力，你想让芽孢杆菌发挥什么样的作用取决于你怎样使用，在水产养殖过程中在水瘦的情况下配合生物肥使用可以肥水，在池塘有机质过多富营养化的情况下可以分解有机质调节水质使水“瘦下来”。
在水产养殖过程经常会利用芽孢杆菌强大的分解能力来调节水质。分解池塘由饲料投喂过多的残饵、粪便引起机质过多，产生的氨氮、亚硝酸盐超标，或者水体富营养引起的蓝藻。芽孢杆菌能快速分解池塘有机质，为培育有多种益藻类提供营养，使藻类快速生长。
芽孢杆菌在池塘会大量消耗溶氧，使用时要注意水体缺氧情况下不能使用、阴雨天气不能用必须晴天使用，水体很瘦的情况下必须配合肥使用防止缺氧。
芽孢杆菌种类有几百种，水产用的有70种，根据所需要不同功能培育出不一样的芽孢杆菌菌种，水产常用的有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等，枯草芽孢杆菌分解有机质能力很强水产上用的最多的就是它，地衣芽孢有以菌抑菌的作用减少细菌性疾病，侧孢芽孢对蓝藻有抑制作用。现在水产品上用的多是复合型芽孢杆菌较少使用单一菌种，复合菌种对水质调节效果很好。